本发明涉及信息技术领域，具体涉及一种基于主从数据对齐的投标文件多因子加密方法，包括以下步骤：投标文件打包为数据文件，添加混杂码；使用第一秘钥加密，记为密文文件；添加自毁程序，将自毁程序与密文文件打包为压缩包，记为投标文件包；约定连续验证码；接收投标文件包，并周期性验证连续验证码；若验证通过，则继续；接收第一秘钥、数据文件数字指纹和始码，接收混码生成程序；招标方将第一秘钥、数据文件数字指纹、招标方标识码、始码及混码生成程序哈希值输入自毁程序，若均相符，则自毁程序解密密文文件，反之，则自毁程序生成乱码覆盖密文文件。本发明的有益技术效果为：有效提高了投标文件的安全性，保障投标供应商的商业信息安全。