本发明公开了一种控制器系统调度方法、系统及非易失性存储介质。其中，该方法包括：主控制器接收设备关联请求；主控制器响应于设备关联请求，基于全局配置信息，主控制器从多个域控制器中确定第一域设备所属的第一域控制器，以及第二域设备所属的第二域控制器；主控制器向第一域控制器发送第一指令，以及向第二域控制器发送第二指令，其中，第一指令用于指示第一域控制器生成第一域设备与第二域设备进行关联的第一配置信息，第二指令用于指示第二域控制器生成第一域设备与第二域设备进行关联的第二配置信息。本发明解决了相关技术中存在的由于控制器系统计算能力的局限性，造成计算效率不理想并且交互效率低的技术问题。