本发明公开了一种包裹超分子除味杀菌消毒组合物，以质量份计，包括如下组分：环状糊精0.2‑20份，N‑烷基丙胺基甘氨酸0.05‑5份，季铵盐阳离子表面活性剂0.01‑5份，螯合剂0.01‑5份，醇1‑30份，余为水，所述的环状糊精选自α‑环糊精、β‑环糊精、γ‑环糊精或其衍生物；所述的阳离子季铵盐类表面活性剂选自C8‑C18烷基二甲基苄基氯化铵/溴化铵等；所选的螯合剂为EDTA‑2Na、EDTA‑4Na、二乙酸谷氨酸四钠等。本发明的包裹超分子除味杀菌消毒组合物，以环糊精包裹阳离子季铵盐及N‑烷基丙胺基甘氨酸组成超分子，起到除味及杀菌消毒的功能，螯合剂起到协助杀菌消毒的功效。