本发明提供一种含分子筛有机复合材料中间层的纳滤膜及其制备方法，属于膜分离技术领域，该纳滤膜包含依次固定于聚甲基丙烯酸甲酯框架中的底膜、中间层和聚酰胺分离层；将分子筛的分散溶液和含氨基有机聚合材料的水溶液均匀混合、搅拌、超声，得到分散液；抽滤所述分散液，得到中间层；将所述中间层沉积有分散液的一面朝上，固定于聚甲基丙烯酸甲酯框架中，用多元胺的水溶液覆盖中间层表面，静置；再用多元酰氯的有机溶液覆盖中间层表面，静置，清洗中间层膜表面并进行热处理，得到含有聚酰胺分离层的纳滤膜，置于去离子水中待用。制备过程简单，脱盐性能优异，在含盐废水处理中具有广阔的应用前景。