本发明涉及胶囊聚合物驱提高采收率的方法和系统，包括：（1）确定目标油藏储层参数、井位部署情况及开发动态；（2）确定近井地带靶向调剖区域、远井地带靶向增粘区域；（3）根据目标油藏条件设计合成胶囊聚合物；（4）基于室内实验评价胶囊聚合物抗剪切性能、缓释增粘性能、注入性能及调剖性能，判断是否符合预期性能要求；（5）制定胶囊聚合物驱矿场注入方案；（6）监测油藏开发动态。本发明将聚合物用包壳层包裹，大幅减少了聚合物注入过程中的剪切降解，有效降低成本；本发明抑制了注入流体的无效循环；大幅度提高原油采收率。