本发明提供了一种粉末载体生物亲和性的测定方法及应用。该测定方法包括以下步骤：提供一载体混合物，并记录载体混合物中载体的挂膜情况。将载体混合物中的待测微生物进行染色形成染色微生物，得到染色混合物。获取染色混合物在荧光下的显示图像。根据显示图像得到显示图像中的载体面积以及染色微生物的微生物面积，根据二者面积比以及挂膜天数判断粉末载体的生物亲和性。通过对待测微生物进行染色，因而在显示图像中可以较好识别染色微生物，从而获得微生物面积与粉末载体的载体面积的比值，进而结合挂膜天数判断粉末载体的生物亲和性。上述测定方法不需要将载体和待测微生物进行分离称重，克服了由此带来的生物亲和性无法测定的问题。