本发明实施例提供一种应用MPU保护场景下的内存分配方法及系统，属于内存处理技术领域。所述方法包括：S10）获取待存储信息和当前存储状态信息，并基于所述待存储信息和所述当前存储状态信息确定存储区域的划分方案；S20）基于所确定的划分方案设置对应的MPU保护寄存器；S30）基于对应的MPU保护寄存器的信息，确定下一次的划分方案；S40）重复执行步骤S20）至步骤S30），直到完成所述存储区域的划分，其中，每一次划分的划分方案均基于上一次划分对MPU保护寄存器的设置结果确定。本发明方案利用多个MPU保护寄存器配合以及对保护区域的细分，能够有效的降低因为需要配合单个MPU保护寄存器的对齐要求而造成的存储空间浪费。