本发明公开了一种现货市场与调峰市场的分步出清方法及系统，所述方法为电能量现货市场出清，出清结束后若存在设备的热稳定限额越限，或电能量现货市场出清结果存在不平衡量，则以最小化机组运行费用和调峰费用为目标进行调峰市场出清，得到出清结果；其中对参与调峰的机组和不参与调峰的机组分别建立出清模型；本发明所述的方法可以适应机组的U型报价，考虑因网络安全约束造成，同时可以满足系统平衡要求，并实现机组阻塞价格的重新计算，进而判断机组调峰的原因，为机组调峰的结算提供依据。