本发明提供一种基于直流配电的高速公路能源保障系统的控制方法，包括以下步骤：获取AC/DC变换器输入端的q轴电流基准值和d轴电流基准值；根据AC/DC变换器输入端的d轴电流、d轴电流基准值、q轴电流和q轴电流基准值进行电流解耦控制，以得到AC/DC变换器输入端的d轴电压补偿值和q轴电压补偿值；通过AC/DC变换器输入端的d轴电压补偿值对d轴电压进行补偿，并通过AC/DC变换器输入端的q轴电压补偿值对q轴电压进行补偿；根据补偿后的AC/DC变换器输入端的d轴电压和q轴电压，变换得到AC/DC变换器输入端的三相电压基准值；根据AC/DC变换器输入端的三相电压基准值生成控制AC/DC变换器中开关管的控制信号。本发明能够提高智慧交通网的供电可靠性。