本发明属于农田面源退水收集净化技术领域，尤其涉及一种用于农田沟渠末端的微型沉淀池系统及其方法，所述用于农田沟渠末端的微型沉淀池系统包括外体轮廓和1～5层的内层导流墙，所述外体轮廓上设有进水孔，最内层的内层导流墙设有出流延伸管，所述出流延伸管从最内层的内层导流墙内部延伸至外体轮廓外部。本发明提供一种强化农村生活污水收集处理能力和提高农田面源污染的拦截处理能力，降低后续措施的处理负荷，能够针对分散性强、分布广农污和农田污染特点的兼具多功能并能够根据实际情况做出结构简单改变的用于农田沟渠末端的微型沉淀池系统及其方法。