本发明公开了一种无基体金属夹杂的生物医用镁基复合材料制备方法，该方法包括：一、依次对镁基板材进行开槽、填粉及槽体封闭处理，然后采用大尺寸搅拌头进行多道次往复搅拌摩擦加工形成加工区，得到镁基复合材料中间体；二、在镁基复合材料中间体的加工区内，采用小尺寸搅拌头进行多道次往复搅拌摩擦加工，得到无基体金属夹杂的生物医用镁基复合材料。本发明依次顺序采用大尺寸搅拌头和小尺寸搅拌头进行多道次往复搅拌摩擦加工，有效消除每道次下压时新引入的基体金属，且陶瓷颗粒分布均匀，避免出现基体金属夹杂，提升了镁基复合材料腐蚀性能和组织热稳定性，使其适宜生物医用。