本发明涉及继电保护及安全自动装置在线监视与分析系统，特别是涉及到了一种修正继电保护故障信息系统故障相别方法、装置及主站。本发明的方法是通过对比故障线路两侧上送的故障相别信息，当两侧上送的故障相别信息不一致时，以两侧上送的故障相别信息以不一致的部分为干扰信息，修正含干扰信息一侧上送的故障相别信息至与另一侧故障相别信息一致。采用本发明的方法不会影响主站得到的故障相别的真实性，并且可使主站得到的故障相两端上传的故障相别信息一致，从而可解决解决现有继电保护故障信息系统的故障报告数据不准确的问题。