本发明公开了一种用于配置电厂升压站互感器的方法及系统，属于电力系统仿真技术领域。本发明方法，包括：获取电厂升压站的主接线典型配置数据，基于所述配置数据搭建电厂升压站的仿真模型；控制所述仿真模型以预设模拟时序，模拟电厂升压站的死区故障，并获取故障仿真数据，基于所述仿真数据，确定电厂升压站新增互感器的配置方案；所述配置方案，用于对电厂升压站进行配置。本发明提出的配置方案，配置完成后，当电厂升压站互感器死区发生故障时，可以短故障持续时间，从而提高交直流电网的安全稳定水平。