本发明公开了一种非高频潮位序列的涌潮高度计算方法，包括以下步骤：S1，确定第一非高频潮位序列的计算参数：时间间隔、潮数及逐潮水深湍流度；S2，获得研究区域的第一高频潮位序列；S3，统计第一高频潮位序列的逐潮涌潮高度；S4，对第一高频潮位序列再取样，得到第二非高频潮位序列；S5，计算第二非高频潮位序列的逐潮水深湍流度；S6，根据第一高频潮位序列的逐潮涌潮高度与第二非高频潮位序列的逐潮水深湍流度建立相关关系式；S7，将S1确定的水深湍流度，代入S6建立的相关关系，推算涌潮高度。本发明能反映局地水深不同导致涌潮强度的差异，能更准确推算研究区域的涌潮高度，更符合实际情况。