本发明公开了一种木材加工行业职业健康综合风险评估系统，包括以下：企业基本情况模块、职业危害场所模块、职业危害控制模块、职业危害因素模块和职业危害管理模块；企业基本情况模块接收企业基本信息，包括企业类型、产品类型、员工数量和安标化等级；职业危害场所模块设置场所分区，包括加工区、打磨区、组装区和喷漆区；职位危害控制模块包括不同防护措施预案；职业危害因素模块包括木材加工企业不同职业病危害因素；职业危害管理模块包括企业采取的不同种类管理措施。本发明有益效果是：解决了传统仅依赖人力进行职业健康风险评估的技术问题，能更好地服务于木材加工行业的职业健康风险管控。