本发明提供了一种生物质能参与调峰的绿色乡镇配电网区域协同自治方法，该方法先获取绿色乡镇各区域微网源荷预测数据、供能设备基本参数以及当地电网购售电价格数据；再根据源荷预测数据的时间尺度特性，建立源荷不确定性模型；接着构建绿色乡镇配电网双层优化模型，包括作为上层策略的基于各区域微网的供用能情况的区域微网能量交易价格模型，以及作为下层策略的基于源荷不确定性模型和区域微网能量交易价格，以经济性和清洁能源消纳率为优化目标，考虑综合约束条件的区域微网两阶段鲁棒优化模型；最后对绿色乡镇配电网双层优化模型进行迭代求解，得到使系统经济性和清洁能源消纳率最优的分布式能源出力、储能充放电功率和区域交互功率。