本发明公开了一种用于多直流协调控制中心的分层控制系统，包括：调度中心，用于在全网多直流系统发生故障后，通过全网安全防御控制策略，得到直流高级辅助控制指令；通过经济调度得到直流基本指令；综合所述直流高级辅助控指令和直流基本指令，向直流区控中心下达直流控制指令；直流区控中心，用于接收调度中心下达的直流控制指令，根据所述直流控制指令分配各控制任务并将所述控制任务下发至各个直流输电系统换流站；各个直流输电系统换流站，用于接收所述直流区控中心下发的控制任务并执行。提升电网抵御故障冲击的能力和改善扰动后交直流混联电网的动态特性。