本发明公开了一种生产广藿香醇的毕赤酵母重组菌株及其构建方法以及应用。本发明构建方法为：将广藿香植物来源的广藿香合成酶在毕赤酵母中进行表达，同时优化了内源的法尼基焦磷酸合成酶和广藿香醇合成酶两酶过表达方式，然后对其内源的甲羟戊酸前体途径进行改造以显著改善产量，最后在此基础上对关键酶拷贝数进行了优化获得高产广藿香醇的重组菌株。本发明利用毕赤酵母组合调控策略使广藿香醇的产量到达2.47g/L，为目前已报道的其他工程菌株中最高。本发明的毕赤酵母底盘细胞能够显著提高广藿香醇的合成，缓和市场需求。