本发明提供了一种大豆皂苷相关的KASP标记及其应用，属于分子育种技术领域，所述KASP标记包括S07_43139773G/T和S07_43139033A/G中的一种或两种，所述S07_43139773G/T为大豆基因组第7号染色体43139773bp位置上的碱基为G/T，所述S07_43139033A/G为大豆基因组第7号染色体43139033bp位置上的碱基为A/G。本发明的KASP标记能够用于大豆高大豆皂苷含量种质的选育，且本发明的KASP标记不仅准确度高、成本较低，而且操作简单、快捷，只需要提取植物叶片基因组DNA，就可以进行PCR扩增。本发明为今后对于大豆皂苷有关基因的深入研究和大豆高皂苷含量的筛选以及大豆分子标记辅助育种奠定基础。