本发明涉及高压直流输电技术领域，尤其涉及一种海上风电双极直流输电系统、控制方法及存储介质。本发明一方面提供的海上风电双极直流输电系统中，双极换流器的交流侧设置交流母线与变压器的交叉连接结构，实现双极输入功率自平衡，且双极换流器直流侧设置可用于切换运行模式的开关连接结构，实现单、双极运行模式的切换，整体无需金属中线电缆，显著降低了输电成本。本发明另一方面提供的控制方法中，当发生变压器故障时，通过控制交流侧各开关的开合状态，并调节各非故障变压器的功率，实现双极输入功率平衡，当发生单极换流器故障时，通过闭锁故障换流器，并依次控制直流侧各开关的开合状态，实现运行模式的切换，提高了系统的稳定性和可用率。