本发明公开了靶向鸡甲基化转移酶基因METTL16的siRNA及其应用，其正义链的序列为5’‑CUCACACGGAAUUCUGUCA‑3’，反义链的序列为5’‑UGACAGAAUUCCGUGUGAG‑3’。同时，本发明还公开了含有特异性敲降鸡METTL16基因表达的siRNA的试剂盒，以及含有编码特异性敲降鸡METTL16基因表达的siRNA的核苷酸序列的重组表达载体、转基因细胞系或重组菌。本发明的siRNA通过特异性干扰鸡METTL16基因表达来鉴定基因功能，可应用于优质鸡的遗传育种以及为人类疾病研究提供参考数据，具有很大的经济价值和科研价值。