本发明公开了一种水下双管集输系统运行模式切换控制方法，包括：采集各井口管线上多相流量计监测的油、气、水实时流量，并采集两条海底管道上出口阀门的开关状态；获取所采集的各井口管线流量数据，并计算管汇入口处油‑气‑水各相的流量；采集管汇输送至下游海底管道的混合流体组分数据；获取混合流体组分数据、流量数据和管汇流量计算结果，并根据海底管道规格数据和外部洋流环境数据，确定出水下双管集输系统发生不稳定流动的边界曲线；根据计算的油‑气‑水各相的流量，计算管汇出口的气相折算流速和液相折算流速，结合水下双管集输系统发生不稳定流动的边界曲线，判断并控制水下双管集输系统采用单管运行模式或双管运行模式。