本发明公开一种全光纤电流互感器异常处理方法及系统，方法包括：获取一次谐波、二次谐波、四次谐波；根据二次谐波与四次谐波的比值计算得到调制深度值；根据预设补偿值对所述调制深度值进行动态补偿，并计算动态补偿后的二次谐波与四次谐波的比值，以及动态补偿后的一次谐波与二次谐波的比值；在所述调制深度动态补偿的小范围变化区间内，拟合二次谐波与四次谐波的比值与一次谐波与二次谐波的比值的函数关系；在未触发报警且二次谐波与四次谐波的比值的变化率不小于预设变化阈值时，根据所述函数关系计算一次谐波与二次谐波的比值，并计算输出电流。有效解决了调制回路调制电压突变造成全光纤电流互感器在未触发报警输出电流异常问题。