本发明公开了一种确定流域内主河道的方法，属于水文学研究技术领域，包括如下步骤：获取流域范围内的数字高程模型，并基于数字高程模型依次得到流向格网、汇流累积量格网和河流格网；将河流格网进行分级，并将河流格网转换为矢量河网，得到线状河网和河网节点属性表；基于流向格网、汇流累积量格网和河网节点属性表，得到若干源头起始点和出水口终止点；基于各源头起始点、各出水口终止点、河网节点属性表和线状河网，完成主河道确定；本发明解决了难以快速并准确在海量河网数据中提取流域的主河道的问题。