本发明属于兽用发酵中药制剂技术领域，具体涉及一种改善母猪亚健康的中药组合物、发酵中药制剂及其制备方法和用途。所述中药组合物由以下重量份的原料制成：水飞蓟20‑30份，虎杖20‑30份，马蹄香20‑30份，金银藤10‑15份，白芍5‑10份，绞股蓝5‑10份，甘草10‑15份，党参1‑5份，白术5‑10份，当归5‑10份，丹参1‑5份，黄芪1‑5份，墨旱莲1‑5份，柴胡1‑5份，茯苓1‑5份，陈皮1‑5份，炒山楂1‑5份，有机酵母硒1‑5份。本发明中药组合物以及发酵中药制剂能够全面改善母猪亚健康状态，提高母猪健康程度，从而提高后备母猪育成率，显著降低母猪二胎综合症，使经产母猪泪斑肿包消除，皮肤恢复淡红色，消除母猪亚健康状态，使得其发情配种恢复正常，以及降低母猪淘汰率。