本发明涉及一种去除粪污和餐厨垃圾病菌与盐分的热解系统及方法，其系统包括粉碎装置、搅拌热解装置、干湿分离装置、保温水箱、板式换热器、蒸汽设备、污水处理设备以及有机肥原料收集箱；粉碎装置将人粪污或餐厨垃圾粉碎为有机物粉末，让搅拌热解装置利用蒸汽对有机物粉末进行高温热解杀菌有利于去除有机物粉末中的病菌；通过蒸汽加热用水稀释有机物粉末的有机固液混合物，经三次热水稀释除盐后，能够有效降低粪污或餐厨垃圾盐分子含量，经干湿分离装置分离得到无有害病菌和盐分的有机肥原料；本发明能够有效去除人粪污或餐厨垃圾的病菌和盐分，所产出的有机肥原料安全无毒利于植物生长且不会破坏土壤及地下水等生态环境。