本发明公开了鉴定气单胞菌的特异性新分子靶标及其快速检测方法。所述的气单胞菌属的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，嗜水气单胞菌的分子靶标核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示，维氏气单胞菌的分子靶标核苷酸序列如SEQ.ID No.3所示，豚鼠气单胞菌的分子靶标核苷酸序列如SEQ.ID No.4所示。本发明采用泛基因组方法获得气单胞菌属及属内3个常见致病菌种的特异性核心基因，设计获得能灵敏检测气单胞菌属及3个常见致病菌种的特征引物，同时该方法能快速、简便地区分气单胞菌及其它微生物菌株。本发明具有操作简便快捷、特异性高、可定量、检测费用低廉的优点。