本发明主要提供了一种海洋中尺度涡旋内部碳循环的估算及演化分析方法，属于海洋碳循环技术领域，具体为基于中尺度涡旋内部发生昼夜垂直迁移的海洋动物总量反演的碳循环估算及演化趋势分析方法，利用遥感与现场观测数据，实现了激光雷达卫星的夜间垂直迁移海洋动物总量反演，进一步通过与涡旋的时空匹配，得到不同极性涡旋在全球海域的昼夜垂直迁移海洋动物总量空间分布特征与年际演化趋势，为基于中尺度涡旋的海洋碳循环模拟、海洋碳汇精确估算预测以及指导人类进行科学碳排放等提供技术方法支撑。