本发明提出一种基于卫星遥感的非蓝藻水华监测方法和系统。其中，方法包括：计算监测范围内的修正归一化差分水体指数；根据所述修正归一化差分水体指数，应用双峰谷值法，确定水体覆盖范围的阈值；根据所述阈值提取水体掩膜；对所述水体掩膜对应的影像进行裁剪，得到水体区域；计算所述水体区域的NDCI指数；计算所述水体区域的水色指数，即FUI指数；根据所述水体区域的NDCI指数和FUI指数，确定所述水体区域的非蓝藻水华暴发区域。本发明解决了目前无法基于卫星遥感数据监测非蓝藻水华的问题；构建了非蓝藻水华的卫星遥感监测算法，实现了水体非蓝藻水华区域的有效识别。