本发明公开了一个大菱鲆饲料转化率相关的微卫星标记引物及其应用，属于鱼类DNA标记技术与应用领域，所述的引物序列为正向序列GTACAAGTACACAACAGCAGT，反向序列ACCATTGAAGACAGAAGTGT。利用所述引物对大菱鲆个体的DNA进行PCR扩增，筛选能够扩增出特异性片段大小为238bp的个体，具有该基因型的个体具有更高的饲料转化率。利用所述引物在大菱鲆高饲料转化率品种选育中进行应用，与常规育种方法相比，该方法可以缩短育种年限，提高育种效率。