本发明公开了一种基于盲端积聚控制的掺氢天然气安全保障系统与方法，所述系统包括与已建清管发球系统的清管三通盲端侧连接的强制扰流系统以及仪表监测系统；所述强制扰流系统用于连通已建清管发球系统的清管三通盲端侧的流道与已建清管发球系统的清管旁路的流道，用于对清管三通盲端侧的气体停滞区域进行扰动；所述仪表监测系统用于对强制扰流系统和二级保障系统内的介质流动情况进行监测。本发明基于掺氢天然气的长期静置后分层趋势，结合管道输送的实际情况，在极易出现气体盲端静置与积聚的清管三通区域实施控制对策，设置了强制扰流系统、二级保障系统和仪表监测系统，有效解决了较为隐性、但危害巨大的盲端气体分层问题。