本发明公开了一种改良轮作烟区植烟土壤的土壤调理剂、制备方法和应用，涉及肥料领域，解决了现有技术中烤烟轮作区植烟土壤养分投入过量以及复种指数高导致土壤微生物区系失衡、养分利用率极低的问题。本发明的土壤调理剂包括如下质量百分比的组分：1％‑5％的复合微生物菌粉、0.5％‑1.5％的生物刺激素和93.5％‑98.5％的载体，上述各组分的质量百分比之和为100％；复合微生物菌粉是由菌株WSWFJ33、菌株WSWFJ40和菌株WSWFJ46复配而成。本发明的土壤调理剂集微生物的解毒、活土、促生和生物刺激素的抗逆、促生、增产、提质于一体，使用在作物轮作的种植领域，不但可以促进作物早生快发，协调根系生长和作物生长的一致性；同时可以增强作物的抗逆性，提高作物的经济性状，改善作物的品质。