本发明属于数字孪生技术领域，公开一种基于数字孪生的综合能源控制方法及系统，所述方法，包括：基于综合能源物理系统构建综合能源系统数字孪生体；从综合能源系统数字孪生体进行数据同步并采样得到当前时刻可再生能源功率输出、综合能源负荷预测以及电池荷电状态，输入预先训练好的DQN模型，获得储能策略；输出所述储能策略给综合能源物理系统。本发明基于数据和机理融合的方式构建了综合能源系统的数字孪生体模型，为深度强化学习算法提供了与物理系统同步演化更新的学习环境，解决了传统综合能源系统运行所面临的模型简化、源荷不确定性所带来的优化决策困难问题。