本申请涉及金属离子化学技术领域，提供一种控制芯片加载的方法、装置、测序系统和存储介质。本申请提供的方法，在需要加载当前芯片时，检测到有另一芯片正在执行项目，则在另一芯片处于可干扰状态，且存在未到达的可中断节点的情况下，通过监听另一芯片的项目流程的执行情况，在当前芯片未加载结束时，监听到另一芯片到达可中断节点，则使得另一芯片进入安全模式，直到当前芯片加载结束，当前芯片执行请求的项目，另一芯片继续执行中断的项目。从而通过适时将项目执行中的另一芯片进入安全模式，能够以灵活的方式加载其他芯片，实现多芯片不同时间载入及共同运行，提高了检测系统的运行效率和工业实用性。