本发明提供了黄连物种鉴定引物对及黄连物种鉴定方法，属于分子鉴定技术领域，本发明提供的黄连物种鉴定引物对及黄连物种鉴定方法能够克服现有技术中黄连物种鉴定效果较差的问题。本发明提供的黄连物种鉴定引物对针对的鉴定区域为叶绿体片段，不是核基因片段，不存在多拷贝的情况，同时能够避免中药材料常见的微生物污染问题，鉴定区域片段短，长度仅为400bp，远远短于其他DNA条码片段。由于降解现象是中药材普遍存在的现象，较短的条码片段有利于提高降解材料的PCR扩增效率。在黄连物种鉴定中具有较强的实际应用意义。