本发明涉及一种勘探开发主数据关系表示方法、设备及存储介质，包括：S1、绘制勘探开发主数据分类矩阵表；S2、定义关系类型；S3、根据对象特征维度梳理具有基础层级关系的主数据；S4、对地下主数据基础层级关系进行表达，获得关系矩阵表；S5、对关系矩阵表中未标识基础层级关系的网格定义为均由基础层级关系推导产生，并进行标识；S6、基于矩阵表中的地下主数据基础业务关系进行标识，获得基于业务关系的地下主数据关系矩阵表；S7、基于矩阵表中对跨专业管理跨对象特征的主数据关系进行标识；S8、将地下主数据对象换为海洋与地面工程主数据，绘制地上主数据关系矩阵表，并对其业务关系进行标识；S9、绘制地上与地下存在交叉关系的主数据矩阵。