本发明公开了一种客户侧灵活负荷聚合调控方法及系统，包括：获取预先对整体区域的负荷资源进行分区和分类后的每个分区的负荷资源的负荷能力、获取整体区域的负荷资源的负荷能力以及获取预先对整体区域的负荷资源进行分区和分类后的每个分区的负荷资源的实时负荷监控数据；根据整体区域的负荷资源的负荷能力、每个分区的负荷资源的负荷能力和每个分区的负荷资源的实时负荷监控数据确定调控指令；对调控指令进行合理性校验，校验通过后将调控指令下发至分区中一个或者多个分类后的负荷资源所对应的能源控制器，通过能源控制器对负荷资源进行负荷调控。优点：支撑电网调控侧进行负荷资源调控，提升需求侧响应等手段开展电网动态平衡调节功能。