本发明公开了一种苜蓿自动化处理脱壳设备，属于苜蓿脱壳技术领域，包括脱壳箱，为本苜蓿自动化处理脱壳设备的主体，脱壳箱的内部上方转动设置有滚筒，脱壳箱的顶部铰接有保护盖；疏通机构，其设置于滚筒的两侧；分壳机构，其设置于滚筒的内部；分离机构，其设置于脱壳箱的内部下方。本发明苜蓿自动化处理脱壳设备通过设置疏通机构，且在滚筒转动过程中，这时第一电机可通过第一转轴带动弹簧杆及疏通块转动，从而可让滚筒的筛孔依次经过疏通块位置，通过疏通块逐一插入至筛孔中，可将堵塞的筛孔疏通，使得滚筒对苜蓿翻滚去壳过程中不会出现堵塞的现象，更加安全，使得去壳效果不受影响，效率更好。