本发明公开了一种管道柔性装配系统和装配方法，管道的柔性装配系统包括软件系统和硬件系统，硬件系统包括电源、N个机器人（N为大于或等于2的正整数）、控制器、显示器和机器人导轨装置；其中机器人轨道采用伺服电机驱动行星轮减速机，通过齿轮齿条传动，驱动移动机构在直线导轨上滑行，配合直线导轨运动采用的伺服电机及驱动与机器人应属于同一系列，同时受机器人控制器控制，实现机器人在轨道上的移动与机器人自身动作的联动；机器人导轨装置为X导轨和Y导轨组成，X导轨和Y导轨是平面垂直设置。采用本发明，能够确保管道各组件装配时快速、准确定位和装配，提高管道安装的效率，实现便捷安装。