本发明提供一种蜂巢式分层培养乳酸菌的生物反应器及使用方法，属于生物反应器技术领域，该蜂巢式分层培养乳酸菌的生物反应器包括外壳；外壳内设有加热机构、第一蜂窝机构、承筒机构和第二蜂窝机构，通过本装置，由第一蜂窝机构和第二蜂窝机构的转动带动多个第一六边形槽和第二六边形槽内的粉末状乳酸菌柱转动，第一蜂窝主体和第二蜂窝主体的转动，使外壳内上部的水气混匀，同时，第一蜂窝主体和第二蜂窝主体在差速反转转动状态，其内部多个第一六边形槽和第二六边形槽内的粉末状乳酸菌柱与外壳内水气接触量相同，吸收外壳内水气的含量相同，多个第一六边形槽和第二六边形槽内各个部位的粉末状乳酸菌柱湿度相同，乳酸菌可以正常生长。