本发明属于生物技术领域，涉及屎肠球菌菌株及其用途。一种屎肠球菌菌株，该菌株为屎肠球菌RKP‑EF‑21001，于2021年10月22日保藏在中国微生物菌种保藏委员会普通微生物中心，保藏编号为CGMCC No.23638。本发明提供了一种屎肠球菌菌株，该菌株能有效的调节宿主肠道菌群的微生态环境，调节免疫应答、促进营养物质的消化吸收等益生功能，在代谢过程中可以通过核糖体合成机制产生一类具有抑菌活性的多肽，这类多肽具有高效、无毒、耐高温、无残留、无抗药性等特点，可以抑制多种细菌、真菌甚至病毒。利用该菌株发酵液上清与噬菌体复配制成的益生菌制剂，能够增强噬菌体的杀菌能力，并且安全无毒，无耐药性。