本发明提供一种用于检测球形棕囊藻的核酸适体及其应用，该用于检测球形棕囊藻的核酸适体的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明提供的核酸适体对球形棕囊藻特异性强、无免疫原性、制备周期短、重现性好、分子量小、便于体外化学合成、便于标记、易于对核酸适体的不同部位进行修饰和取代、序列稳定、易于运输和保存。采用本发明提供的核酸适体对球形棕囊藻进行检测时，操作简单迅速、能够达到较高的准确率和灵敏度。可利用该核酸适体构建分子探针或检测试剂盒，并结合酶标仪、流式细胞仪、荧光显微镜等检测设备，实现球形棕囊藻的精确检测。