本申请提供了一种疾病模型代谢分析方法、包埋模具及喷涂装置，该分析方法包括：利用超声换能器生成声阱操控细胞球，构建具有预设排布构型的疾病模型；对疾病模型进行冰冻切片，得到分析样本，利用质谱成像技术进行代谢异质性分析。该方法包括构建能够较为真实的模拟疾病及其微环境的疾病模型，为研究疾病的发生发展过程提供趋近真实的模型，并且该方法利用质谱成像技术对构建的疾病模型进行代谢异质性分析，进而在分子水平上对构建的疾病模型的代谢物进行定性、定量以及原位空间定位分析，以得知不同空间结构的疾病模型之间的代谢差异，对于准确认识和研究重大疾病的发生发展过程等具有重要价值。