本发明提供一种配电网数据实时采样补偿电路、方法及存储介质，采样补偿电路包括处理器、采样芯片和参考基准源，采样芯片包括多个采样通道，其中一个采样通道与参考基准源电连接以作为数据校准通道，数据校准通道用于获取参考基准源实时输出的实时采样模拟量，其余的采样通道中的至少一个作为实时采样通道，实时采样通道用于采集待测设备的待测采样模拟量，处理器根据实时采样模拟量和实时输出模拟量计算出当前时刻的采样误差，并根据采样误差对实时采样通道的待测采样模拟量进行补偿以得到当前时刻的待测补偿输出量。本发明提高了采样芯片采样结果的准确性，可适应终端不同的工作环境，减小外界环境变化对终端模拟量测量结果的影响。