本发明提供一种铁路工程投资管理方法、系统及存储介质，所述方法包括：获取输入的合同基本信息及相对应的合同清单并校验数据完整性和金额准确性；获取新增季度的季度期数和税率值，读取所述合同基本信息的关键字以确定项目类别和填报类别；依据所述项目类别和填报类别选择计算公式，使用合同清单中每一清单子目包含的输入数量、每一清单子目包含的单价、税率值选择计算公式计算对应季度期数下的验工计价数据；获取铁路工程负责单位的总资金数，基于每一历史季度下每一季度期数的验工计价数据生成历史投资报表，并基于所述总资金数和所述历史投资报表生成铁路工程投资规划表。本发明能够实现自动且高效的铁路工程投资管理。