本发明公开了基于空间频域滤波的激光散斑衬比血流成像方法及系统，涉及生物组织医学成像领域。该方法包括：S1，图像采集步骤；S2，二维快速傅里叶变换步骤；S3，空间频域滤波步骤；S4，二维快速傅里叶逆变换步骤；S5，时域处理步骤；S6，调制步骤。本发明通过空间频域滤波提取散斑图像中的背景信号，抑制光照背景的不均匀性；相比于一维快速傅里叶变换，利用二维快速傅里叶变换分析法来分离散斑信号和背景信号，有效降低计算复杂度的同时提高计算速度；利用空间频域滤波和时域叠加平均散斑信号计算深度调制衬比值，有效提高LSCI成像的衬比度和信噪比，也因此进一步提升了成像的动态范围。