本发明公开一种船舶检测方法、系统及计算机存储介质。其中，该方法包括：将原始训练集进行复制，并将复制好的图片从不同种类的数据增强中随机选择一种进行数据增强，将上述图片进行模型训练，得到第一更新船舶检测模型；对原始训练集进行不同种类的数据增强，得到增强训练集；将原始训练集、增强训练集通过第一更新船舶检测模型进行训练，计算得到全部目标的差异值，根据差异值将目标进行裁剪并粘贴到对应的原始图片中并进行融合操作，以使目标与原始图片的边缘虚化，中心突出；本发明利用原始迭代图片对增强迭代图片的引导，使模型不仅能学习原始迭代图片特征，还能学习各种场景下的增强迭代图片特征，提高不同环境下的准确率和降低错误率。