本发明公开了一种复合储能资源参与下的自动发电控制方法及系统，本发明复合储能资源参与下的自动发电控制方法包括，根据区域间交换功率偏差ΔPtie与频率偏差量Δf获取区域控制偏差信号ACE，基于区域控制偏差信号ACE获取调频需求的高频分量与低频分量，使用储能系统的飞轮储能承担调频需求的高频分量，电化学储能和传统调频机组承担调频需求的低频分量。本发明将功率型飞轮储能与能量型电化学储能配套应用于电网调频，既能实现不同种类储能容量和功率的互补，又能实现经济成本和寿命周期的互补。