本发明涉及一株多效产酶溶杆菌基因工程菌及其构建方法与应用。所述基因工程菌C3‑phz包含重组质粒pILG‑phz和表达宿主；所述重组质粒pILG‑phz包括启动子、目的基因和整合载体；所述目的基因为phzS‑phzNO1，phzM，phzC，phzD‑phzE和phzG‑phzF‑phzB，其核苷酸序列分别如SED ID NO.1～5所示；所述启动子为P1、P3、P6、P7和P8，其核苷酸序列分别如SED ID NO.6～10。本发明的多效产酶溶杆菌基因工程菌C3‑phz实现了吩嗪类化合物在产酶溶杆菌C3的异源合成，显著提高了产酶溶杆菌对植物致病细菌的拮抗活性，并且保留了产酶溶杆菌野生型对植物致病真菌的拮抗活性，大幅拓展了产酶溶杆菌的生防范围，有效提升了其开发利用价值。