本申请公开了一种目标区域捕获建库方法。该目标区域捕获建库方法包括以下步骤：获取待测样本中的核酸片段，采用带有分子标签的接头进行建库，得到建库产物；建库产物通过具有捕获标记的外特异性引物进行延伸，得到延伸产物；使用载体捕获延伸产物，载体上固定有能够特异性结合捕获标记的物质；延伸产物通过内特异性引物对进行扩增，得到扩增产物；扩增产物通过含有index的条形码引物对进行扩增，得到最终文库。该建库方法实验操作复杂，实验成本较低；目标区域捕获均一性较好、假阳性率和假阴性率较低，因而最终使检测灵敏度显著提高。